Pokyny k odběru vzorků

Manuál pro odběry primárních vzorků

Žádanky k laboratorním vyšetřením
Do laboratoří je přijímán materiál doprovázený žádankou (odpovídající druhu požadovaného vyšetření). Pro vyšetření v laboratořích OLG FN Brno jsou používány následující žádanky a formuláře:

Cytogenetická vyšetření indikuje vždy lékař OLG – lze je požadovat i na jiném typu žádanky. Při použití jiného typu žádanky (např. „Poukaz na vyšetření/ošetření“) je nutné uvést naše pracoviště – OLG FN Brno (případně celou adresu u externího žadatele) a je potřebné uvést veškeré požadované údaje.

Informovaný souhlas / nesouhlas pacienta

Všechna genetická vyšetření se provádí pouze s informovaným souhlasem pacienta/zákonného zástupce. Výjimku tvoří vyšetření v rámci novorozeneckého screenigu cystické fibrózy, který se řídí dle Věstníku ministerstva zdravotnictví 6/2009 str. 7 – 14, čl. 1,
bod 3 a 4.

Informovaným souhlasem/nesouhlasem projevuje pacient vůli přijmout nebo nepřijmout navrhovaný diagnostický výkon (postup) na základě informace poskytnuté lékařem, zaznamenaný předepsanou formou.

Informovaný souhlas pacientů, kteří jsou konzultováni v ambulanci OLG, je uložen v kartě pacienta v ambulanci OLG.

Informovaný souhlas pacientů odebíraných na KDO je uložen v kartě pacienta na KDO a na požádání může být předložen.

Informovaný souhlas pacientů, jejichž vyšetření je požadováno externím pracovištěm (mimo OLG) je uložen spolu s žádankou a výsledkem vyšetření v laboratoři OLG. Pokud není informovaný souhlas spolu žádankou dodán, laboratoř provede vyšetření, ale výsledky neuvolní, dokud požadující lékař nebo osoba odpovědná za odběr primárního vzorku neposkytne informovaný souhlas pacienta nebo jeho kopii.

Požadavky na urgentní vyšetření

Pod pojmem urgentní vyšetření zahrnujeme vyšetření „STATIM“. Požadavky na akutní vyšetření musí být na žádance výrazně ručně doplněné označením STATIM.

Odběrový systém

K odběrům používáme uzavřený systém SARSTEDT Monovette. U velmi malých dětí nebo u
pacientů, kde nelze tento systém použít, lze použít otevřený systém.

  • cytogenetické vyšetření – odběr materiálu do heparinu
  • DNA/RNA analýza – odběr materiálu do EDTA
  • RNA analýza – odběr materiálu pro dlouhodobý transport do PAXGene zkumavky

Příprava pacienta k odběru

Většinu odběrů pro genetická vyšetření lze provádět ambulantně. Před vyšetřením není potřeba žádná speciální příprava pacienta, odběry není nutné provádět nalačno. Pro cytogenetická vyšetření není vhodný odběr v době, kdy pacient užívá některé léky
(antibiotika, cytostatika) – v nutných případech je o této skutečnosti potřeba laboratoř informovat a specifikovat léky užívané pacientem.

Identifikace pacienta na žádance a označení vzorku

Základním požadavkovým listem je vlastní žádanka. Základními (povinnými) identifikačními údaji na žádance jsou:

  • Jméno a příjmení pacienta
  • Pohlaví
  • Datum narození
  • Adresa
  • Zdravotní pojišťovna
  • Identifikace objednatele, obvykle v podobě razítka (jméno lékaře, název zařízení, IČP), název a číselný kód oddělení
  • Základní diagnóza pacienta
  • Datum a hodina odběru, identifikace odebírajícího

Na žádance se v předtištěných kolonkách jednoznačně označují požadovaná vyšetření. Základní identifikace na zkumavce:

  • Základem identifikace na zkumavce s odběrem je přinejmenším příjmení, číslo pojištěnce a datum odběru.

Identifikace cizího státního příslušníka:

  • Objednavatel uvede nacionálie pacienta, datum narození, náhradní číslo pojištěnce přidělené v centrální evidenci a číslo pojišťovny.

Cytogenetická laboratoř

Karyotyp z periferní krve

  • odběrové dny: pondělí, úterý, čtvrtek, pátek
  • materiál – 2-3 ml žilní krve do 0,3ml heparinu – sterilně, odběr není vhodný při současné antibiotické či cytostatické léčbě

Karyotyp z buněk plodové vody

  • odběrové dny GPK FN Brno: pondělí, úterý, středa, čtvrtek, pátek – po domluvě termínu
  • materiál cca 20 ml plodové vody

Karyotyp z choriových klků

  • odběrové dny: po domluvě – tel. 532234573
  • materiál – asi 20 mg (asi 20 kousků fragmentů klků)
  • odběr do zkumavky s transportním mediem (po dohodě dodává naše laboratoř)
  • odběrová souprava propláchnutá heparinem
  • nemělo by dojít ke kontaminaci krví

Karyotyp z pupečníkové krve

  • odběrové dny: pondělí, úterý, čtvrtek, pátek
  • materiál – 2-3 ml fetální krve do 0,3ml heparinu – sterilně, odběr není vhodný při současné antibiotické či cytostatické léčbě

Karyotyp z tkáně potracených plodů

  • odběrové dny: pracovní dny
    materiál – typ tkáně v závislosti na týdnu gravidity
  • sterilní odběr do transportního media nebo fyziologického roztoku
  • desinfekce lihem nebo lihobenzinem – ne jodové preparáty
  • vzorek kůže bez podkoží o velikosti 1×1 cm nebo odpovídající množství jiné tkáně
  • možnost uchování v chladničce max. 4 dny

Získané chromosomové aberace

  • odběrové dny: pondělí, úterý, středa
  • materiál – 2-3 ml žilní krve do 0,3 ml heparinu – sterilně
 

Laboratoř molekulární cytogenetiky

Vyšetření chromosomových abnormalit pomocí techniky FISH, SKY

  • periferní krev (3 ml do heparinu)
  • tkáň tumoru (otisk na 5 podložních mikroskopických sklech)
  • trepanobiopsie + kostní dřeň (nátěr na 5 podložních mikroskopických sklech)
  • stěr bukální sliznice pomocí vatové tyčinky na podložní skla
  • plodová voda (8-10 ml) –
  • pokyny pro odběr materiálu z jiných útvarů jsou k dispozici na www.fnbrno.cz.

vyšetření chromosomových abnormalit pomocí technik MLPA, CGH a array CGH

  • periferní krev na izolaci DNA (odběr krve do EDTA – optimálně 5 -10 ml krve, sterilně, protřepat, ihned transport na OLG FN Brno)
  • kostní dřeň (odběr do EDTA)
  • tkáň tumoru
  • na vyšetření technikou CGH u jednoho pacienta je třeba 3ug DNA
  • na vyšetření technikou array CGH u jednoho pacienta je třeba 1 ug DNA
  • na vyšetření technikou MLPA u jednoho pacienta je třeba 200-500 ng DNA
 

Laboratoř molekulární genetiky

Periferní krev

  • pro DNA vyšetření 5-10 ml venosní krve do 0,3 ml 0,5M EDTA, sterilně provádí sestra, transport ve zkumavce
  • pro RNA vyšetření 5-10 ml venosní krve do 0,3 ml 0,5M EDTA, sterilně provádí sestra, transport ve zkumavce IHNED nejlépe na ledu, 2,5 ml venosní krve do PAX gene zkumavky (firma QIAGEN), sterilně provádí sestra

Plodová voda

  • pro vyšetření prováděná z kultivovaných buněk plodové vody viz příloha 4, odst. 1
  • pro vyšetření prováděná z nekultivovaných buněk plodové vody aspirace 1-10 ml plodové vody, sterilně provádí gynekolog, transport v označené injekční stříkačce

Choriové klky

  • vzorek choriových klků v kultivačním médiu, sterilně provádí gynekolog, transport v řádně označené zkumavce nebo v kultivační nádobce

Fetální krev

  • pro DNA vyšetření: 1-2 ml pupečníkové krve do 0,3 ml 0,5M EDTA, sterilně provádí gynekolog, transport v řádně označené zkumavce.
  • pro RNA vyšetření 1-2 ml pupečníkové krve do 0,3 ml 0,5M EDTA, sterilně provádí gynekolog, transport v řádně označené zkumavce IHNED nejlépe na ledu, 2,5 ml pupečníkové krve do PAX gene zkumavky (firma QIAGEN), sterilně provádí gynekolog.

Kůže potraceného plodu

  • kůže plodu s podkožím minimálně 5×5 mm, sterilně provádí gynekolog, transport v řádně označené sterilní zkumavce

Kostní dřeň

  • pro DNA vyšetření: 1-2 ml kostní dřeně  do 0,3 ml 0,5M EDTA, sterilně provádí lékař, transport ve zkumavce
  • pro RNA vyšetření: 1-2 ml kostní dřeně  do 0,3 ml 0,5M EDTA, sterilně provádí lékař, transport ve zkumavce IHNED

Tkáň

  • pro DNA vyšetření: vzorek tkáně velikosti minimálně 3x3x3 mm, sterilně provádí chirurg, transport ve zkumavce
  • pro RNA vyšetření vzorek tkáně velikosti minimálně 3x3x3 mm okamžitě zamražený v řádně označené eppendorf zkumavce v tekutém dusíku, sterilně provádí chirurg, transport v řádně označené zkumavce na suchém ledu IHNED

Parafínové řezy

  • tkáň zalitá do parafínu, dodá patolog

Stěr bukální sliznice

  • stěr provádí sestra, transport v řádně označené zkumavce nebo zatavené sterilní folii

Seznam molekulárně genetických vyšetření a genetický materiál, na kterém se provádí:

Cystická fibróza

gen CFTR

DNA

Neurofibromatóza typu 1

gen NF1

DNA a RNA

Neurofibromatóza typu 2

gen NF2

DNA a RNA

Rhabdoid predispoziční syndrom

gen INI 1

DNA

Duchennova svalová dystrofie

gen dystrofin

DNA

Hemofilie A

gen pro faktor VIII

DNA

Delece azospermatického faktoru

gen AZF

DNA

Určení pohlaví

SRY, amelogenin

DNA

Myotonická dystrofie typu 1

gen MD1

DNA

Hluchota

gen GFB2

DNA

Chronická pankreatitida

gen PRSS1

gen SPINK1

gen CFTR

DNA

Syndrom dlouhého QT intervalu

gen KCNQ1

gen KCNH2

gen KCNE1

DNA

Cytochrom P450

gen CYP2D6

DNA

Maligní hypertermie

gen RYR1

gen CACNA1S

DNA

Deficit MCAD

DNA

Lerri-Weil dyschondrosteóza

gen SHOX

DNA

Metylace promotoru-06-metylguanin-DNA-metyltransferázy

gen MGMT

DNA

Katecholaminergní polymorfní ventrikulární tachykardie

gen RYR2

DNA

Retinoblastom

gen RB1

DNA a RNA

Analýza exprese onkologických markerů

TH, TrkA, TrkB, TrkC, cMyc, PGP9.5, p73, MAGE, GAGE, VEGF

RNA

Synoviální sarkom

SYT/SSX 1,2

RNA

p53

DNA

Aneuploidie chr. 13, 18, 21, X, Y

DNA

Aneuploidie chr. 13, 15, 16, 18, 21, 22, X, Y

DNA

Aneuploidie chr. 21

DNA

Dodatečná vyšetření je možno indikovat po telefonické domluvě. V případě vyšetření souvisejících s kultivací lze toto požadovat pouze po dobu kultivace vzorku, při zpracování je možno uschovat buněčnou suspenzi pro další vyšetření (viz zvláštní kolonka na žádance).

Další materiál jako tkáň tumoru, otisky tumorů dle domluvy s laboratořemi.