Laboratoř molekulární diagnostiky

Adresa: OLG FN Brno, Černopolní 9, budova G, 3. poschodí (Kde nás najdete?)
Vedoucí laboratoře: RNDr. Iveta Valášková, Ph.D.
Tel: +420 532 234 715
E-mail: [email protected]

Laboratoř molekulární diagnostiky provádí vysoce specializovanou molekulárně genetickou diagnostiku u nemocných s dědičnými chorobami a v jejich rodinách s využitím širokého spektra metod molekulární genetiky.

Laboratoř dále zajišťuje izolaci lidské genomové DNA z krve, tkání, nebo buněk po kultivaci a její dlouhodobé uchování v DNA bance OLG. Provádí DNA analýzu vybraných genů, u nichž přesně identifikuje patologické změny genetického materiálu a určuje původ chorob na molekulární úrovni.

Provádí vysoce specializovaná molekulárně genetická vyšetření maligních onemocnění kvalitativní a kvantitavní analýzou diagnosticky a prognosticky významných molekulárních onkologických markerů Laboratoř molekulární diagnostiky je zapojena do národní a mezinárodní mezilaboratorní kontroly kvality a pracuje podle evropských standardů. Pracovníci laboratoře se účastní řešení výzkumných úkolů a záměrů.

V rámci výzkumných projektů jsou zaváděny nové molekulárně genetické metody, analýza nových genů, získávány poznatky umožňující přesnější interpretaci molekulárně genetických analýz v souladu s aktuálními poznatky molekulární biologie a genetiky. Laboratoř sleduje rychlý vývoj molekulárně genetických vyšetřovacích metod a v týmové spolupráci je uvádí do praxe.

Laboratoř molekulární diagnostiky také plní důležitou úlohu ve vzdělávání a výuce studentů svojí spoluprací s Přírodovědeckou a Lékařskou fakultou MU. Důležitá je také rozsáhlá interdisciplinární spolupráce s množstvím dalších oborů jako jsou například kardiologie, gynekologie, reprodukční medicína, neurologie, patologie, chirurgie, ARO, ORL, plastická chirurgie, neonatologie, biochemie, onkologie, hematologie, oční klinika, gastroenterologie nebo kožní ambulance.

Používané metody

  • Izolace DNA – vysolovací metoda, izolace pomocí kitu a s využitím izolátoru MagnaPure Roche
  • Izolace RNA a zpětný přepis do cDNA
  • Polymerázová řetězová reakce (PCR)
  • Real-time PCR
  • High Resolution Melting Analysis (HRM)
  • Denaturační gradientová elektroforéza (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis – DGGE)
  • Jednořetězcový konformační polymorfismus (Single Strand Conformation Polymorphism – SSCP)
  • Sekvenování
  • Fragmentační analýza
  • MLPA – Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification
  • Hybridizace pomocí INNO-LiPA
  • Kvantitativní fluorescenční PCR (QF PCR)
  • Direct QF-PCR
  • Vazebná analýza
  • Metylační analýza

Nabízené služby

Monogenně dědičné choroby:
Vznik monogenně dědičných chorob je podmíněn mutací jediného genu. Tato onemocnění mohou být recesivní (například cystická fibróza) nebo dominantní (neurofibromatóza I). V Laboratoři molekulární diagnostiky jsou takto postižení pacienti vyšetřováni s využitím široké palety doplňujících se metod.
Konzultace: RNDr. Iveta Valášková, tel.: +420 532 234 715

Onkologická vyšetření:
Při vzniku nádorového onemocnění jsou rozhodující mutace, které postihují geny účastnící se řízení růstu a proliferace buněk („gatekeepers“), případně geny, jejichž úkol spočívá v udržení neporušenosti genomu („caretakers“). Náchylnost k nádorovému onemocnění může být dále ovlivněna mutacemi v genech zodpovědných za metabolické přeměny karcinogenů, se kterými se organismus neustále setkává.

Dále jsou analyzovány nádorové markery, které jsou přítomny v organismu v důsledku vzniku a vývoje maligního procesu. Jejich analýza je důležitá pro posuzování rozsahu a hlavně další dynamiky v rámci sledování efektu terapie nebo návratu choroby.

Detekce aneuploidií chromozomů:
Aneuploidie znamená odchylku od normálního počtu chromozomů, kterých je u člověka 46. Stanovení správného počtu chromozomů má velký význam při vyšetřeních plodů v průběhu těhotenství, kdy odchylky mohou znamenat postižení vyvíjejícího se plodu nebo časné spontánní potraty.

Klasickou genetickou metodou uplatňující se v prenatální diagnostice je stanovení karyotypu plodu pomocí G-pruhování z kultivovaného materiálu plodu, které trvá přibližně 14 dní. Kultivace se však všech případech nemusí povést a doba k tomu potřebná zvyšuje úzkost matky z očekávání výsledků vyšetření.

Novější metodou je kvantitativní fluorescenční polymerázová řetězová reakce (QF PCR). Využívá stejný materiál jako klasické cytogenetické metody, ale je podstatně rychlejší. Při použití této techniky je výsledek do 24 až 48 hodin. Metoda se však zabývá pouze nejčastějšími aneuploidiemi tzn. aneuploidie chromozomu 13, 18, 21, X a Y a u spontánních abortů je schopna dále analyzovat chromozomy 15, 16 a 22. Naše laboratoř vytvořila spojením přístupů direct PCR (nevyžaduje izolaci DNA), fast PCR a QF-PCR novou testovací sadu, která umožňuje určení aneuploidie chromozomu 21 do tří hodin.

Neinvazivní vyšetření plodu z volné fetální DNA v krvi matky:
Volná fetální DNA je rozptýlená v plazmě matky a její koncentrace se postupně zvyšuje ( I. trimestr do 3 % , III. trimestr až 6 %) a po porodu rychle mizí z cirkulace (po císařském řezu za 4 – 30 min., po vaginálním porodu za 10 – 100 hodin). Provádíme neinvazivní vyšetření plodu z volné fetální DNA (cffDNA) pomocí QF PCR (HRM LC480)

  • stanovení pohlaví plodu (gen SRY)
  • stanovení RhD

Výsledky vyšetření, kontrola kvality

Hodnocení vyšetření u monogenně podmíněných chorob, onkologických markerů a detekci aneuploidií provádějí VŠ pracovníci s ukončeným specializačním vzděláním (atestací).

Abnormální nálezy u monogenně podmíněných chorob jsou popisovány podle mezinárodní databáze mutací HGMD (Human Gene Mutation Database) v souladu s pravidly HGVS (Human Genome Variation Society) a abnormální nálezy při hodnocení aneuploidií jsou popisovány podle mezinárodní cytogenetické nomenklatury ISCN 2009.

Analýza molekulárních onkologických markerů a hodnocení výsledku analýzy je prováděno dle doporučení INRG (The International Neuroblastoma Risk Group) z roku 2009. V laboratoři jsou uplatňovány zásady správné laboratorní praxe včetně systému vnitřní kontroly kvality.

Laboratoř molekulární diagnostiky se pravidelně účastní cyklů externí kontroly kvality, které v ČR organizuje ÚHKT Praha. Laboratoř je dále zapojena do mezinárodního systému kontroly kvality The European Molecular Genetics Quality Network (EMQN) Scheme for Microdeletions of the Y chromozome a External Quality Assessment Scheme for Cystic Fibrosis.

Pro všechny v laboratoři používané metodické postupy je každoročně prováděna mezilaboratorní kontrola.Pravidelně je sledována expirace labochemikálií a zajišťována údržba a servis přístrojů.