Integrovaná laboratoř molekulární cytogenetiky

Adresa: OLG FN Brno, Černopolní 9, budova G, 3. poschodí (Kde nás najdete?)
Vedoucí laboratoře: doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc
Tel: +420 532 234 745
E-mail: [email protected]
Zástupce vedoucího pro laboratoř: Mgr. Hana Filková
Tel: +420 532 234 713
E-mail: : [email protected]
Další informace najdete na webových stránkách laboratoře.

Integrovaná laboratoř molekulární cytogenetiky je specializovanou laboratoří s diagnostickou, výzkumnou a výukovou činností, která zahrnuje cytogenetické laboratoře Přírodovědecké fakulty MU (Oddělení genetiky a molekulární biologie ÚEB) a Fakultní nemocnice v Brně (Oddělení lékařské genetiky).

Nosným tématem činnosti těchto laboratoří jsou cytogenetická vyšetření a výzkum nestability genomu člověka na úrovni strukturních i početních změn chromozomů pomocí molekulárně cytogenetických metod. V laboratořích se koná pravidelná teoretická i praktická výuka cytogenetiky studentů Přírodovědecké a Lékařské fakulty MU v Brně v rámci akreditovaných bakalářských, magisterských a doktorských programů.

Výzkumné aktivity laboratoře jsou zaměřeny na studium chromozomových aberací pomocí technik metafázní a interfázní fluorescenční hybridizace in situ (FISH), komparativní genomové hybridizace (CGH), spektrálního karyotypování (SKY), techniky MLPA a technologií array-CGH.

Používané metody

Akreditované metody
Vyšetření chromozomových aberací z biologického materiálu metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH)
Kód: SOPV MC1
Konzultace: Mgr. H. Filková, tel.: +420 532 234 713

Vyšetření chromozomových aberací z biologického materiálu metodou komparativní genomové hybridizace na oligonukleotidových mikročipech (array-CGH)
Kód: SOPV MC2
Konzultace: Mgr. J. Smetana, PhD., tel.: +420 532 234 745

Neakreditované metody
Vyšetření chromozomových abnormalit technikou spektrálního karyotypování (SKY)
Konzultace: doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc., tel.: +420 532 234 745

MLPA – Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification
Konzultace: Mgr. H. Filková, tel.: +420 532 234 745

Nabízené služby

Kompletní přehled poskytovaných vyšetření Integrované laboratoře molekulární cytogenetiky je uveden na internetových stránkách laboratoře.

Prenatální cytogenetika
Molekulárně cytogenetické vyšetření je prováděno ve spolupráci s gynekologickými pracovišti a je zaměřeno na rychlé odhalovaní početních chromozomových změn u embryí či plodů s podezřením na geneticky podmíněné onemocnění. Vyšetření provádíme na buňkách získaných z plodové vody, z fetální krve či z jiného materiálu odebraném z plodu.

Typy vyšetření:

FISH

  • trizomie chromozomů 13, 18, 21
  • vyšetření sestavy a počtu gonozomů (XX, XY)
  • detekce mikrodelečních syndromů
  • analýza markerových chromozomů
  • analýza translokací (pomocí celochromozomových sond či spektrálního karyotypování)
  • celogenomový screening zisků a ztrát sekvencí DNA metodami CGH, HR-CGH a array-CGH

Postnatální cytogenetika

Vyšetření je prováděno na buňkách periferní krve či prostřednictvím izolované DNA a je zaměřeno na detekci strukturních i početních chromozomových aberací neodhalitelných konvenční cytogenetickou analýzou u pacientů s podezřením na geneticky podmíněné onemocnění a u dysfertilních párů.

Typy vyšetření:

detekce mikrodelečních syndromů metodou FISH (v závorce chromozomová oblast)

  • Prader-Willi/Angelman (15q12)
  • Williams-Beurenův (7q11.23)
  • Slavotínkův (1p36)
  • Phelan-McDermid (22q13)
  • Miller-Dieker (17p13.3)
  • Langer-Giedion (8q23/8q24)
  • DiGeorge (22q11)

detekce mikrodelečních syndromů a subtelomerových přestaveb metodou MLPA – kity P245-A2 a P297-B1 (v závorce chromozomová oblast)

  • Slavotinek (1p36)
  • Wolf-Hirschhorn (4p16.3)
  • Cri du Chat (5p15)
  • Sotos (5q35.3)
  • Williams-Beurenův (7q11.23)
  • Langer-Giedion (8q24.12)
  • DiGeorge (22q11)
  • DiGeorge region 2 (10p15.1)
  • Phelan-McDermid (22q13)
  • Smith-Magenis (17p11.2)
  • Miller-Dieker (17p13.3)
  • Rubinstein-Taybi (16p13.3)
  • Prader-Willi/Angelman (15q12)
  • Wagrův syndrom (11p13)
  • NF1 mikrodelece (17q11.2)
  • mikrodeleční syndrom (2p16)
  • mikrodeleční syndrom (3q29)
  • mikrodeleční syndrom (9q22.3)
  • mikrodeleční syndrom (15q24)
  • mikrodeleční syndrom (17q21)
  • mikroduplikační syndrom (MECP2 / Xq28)
  • TAR syndrom (1q21)
  • mikrodeleční syndrom (1q21.1)
  • mikrodeleční syndrom (12p11.23)
  • mikrodeleční syndrom (15q13)
  • mikrodeleční syndrom (15q24.1)
  • mikrodeleční syndrom (16p11.2/16p12.1)
  • mikrodeleční syndrom (17q12)
  • mikrodeleční syndrom (18q21.2)
  • mikrodeleční syndrom (20p12.2)

vyšetření translokací a přestaveb subtelomerických oblastí chromozomů metodou FISH

analýza markerových chromozomů postnatálně

analýza translokací a komplexních chromozomových přestaveb postnatálně (pomocí
celochromozomových sond či spektrálního karyotypování)

vyšetření mozaiek

celogenomový screening zisků a ztrát sekvencí DNA metodami HR-CGH a array-CGH

vyšetření chromozomových odchylek u pacientů s idiopatickou mentální retardací a vrozenými vývojovými vadami metodami FISH, MLPA a array-CGH

Nádorová cytogenetika

Vyšetření je prováděno pro výzkumné účely ve spolupráci s onkologickými pracovišti a je zaměřeno na detekci prognosticky významných specifických chromozomových změn u některých hematologických maligních onemocnění a u solidních nádorů. Vyšetření provádíme z nátěrů kostní dřeně, z kultivovaných či separovaných buněk kostní dřeně, z otisků nádorů, z tkání nádorů včetně kultivovaných nádorů. Provádíme:

  • cílené FISH vyšetření chromozomových abnormalit pomocí specifických DNA sond
  • celogenomové vyšetření pomocí metody array-CGH

Výsledky vyšetření, kontrola kvality

Analýzu chromozomových odchylek pomocí molekulárně cytogenetických metod provádějí VŠ pracovníci. Abnormální nálezy jsou popisovány podle mezinárodní cytogenetické nomenklatury ISCN 2013, rizika zachycených aberací a jejich klinický dopad jsou posuzovány na základě literatury, aktuálních internetových údajů a pokynů a doporučení Evropské Cytogenetické Asociace (General Guidelines and Quality Assurance for Cytogenetics).

Pro analýzu nedělících se interfázních buněk je používána hodnota „cut-off value“ (tj. hraniční hodnota), podle které jsou nálezy klasifikovány jako pozitivní, respektive negativní pro používané typy DNA sond a vyšetřované typy buněk. Laboratoř používá hodnotu „cut-off value“ doporučenou výrobcem pro jednotlivé šarže a druhy DNA sond a klinicky validovanou prostřednictvím kontrolních hybridizací provedených laboratoří.

U vyšetřovaných pacientů je za pozitivní považován nález, který se rovná nebo převyšuje tuto hodnotu udávanou v procentech z celkového počtu analyzovaných buněk. Interpretaci výsledků provádí VŠ pracovník s ukončeným specializačním vzděláváním (atestací) a zprávu o výsledku poskytuje ošetřujícímu lékaři s případným komentářem.

Externí a interní kontrola kvality

  • Spolehlivost metody a správnost výsledku molekulárně cytogenetických vyšetření je ověřována pomocí interní a externí kontroly kvality v souladu s doporučením Evropské Cytogenetické Associace (General Guidelines and Quality Assurance for Cytogenetics, 2012).
  • Laboratoř se zúčastňuje 1x ročně mezilaboratorní kontroly vyšetření se smluvní referenční laboratoří v České republice.
  • Od roku 2010 je laboratoř zařazena do mezinárodního systému kontroly kvality cytogenetických laboratoří CEQA – Cytogenetic European Quality Assessment, který je součástí EurogenTest Network of Excellence. V roce 2010 a 2013 proběhlo mezinárodní hodnocení kvality FISH vyšetření, v roce 2011 a 2015 byla provedena kontrola kvality vyšetření array-CGH.
  • Externí kontrola kvality vyšetření CGH je prováděna 1 x ročně prostřednictvím mezilaboratorní kontroly zajištěné referenčním cytogenetickým pracovištěm v České republice.
  • Vnitřní kontrola kvality v cytogenetické laboratoři je zavedena průběžně, pravidelně se testují chemikálie používané při FISH, provádí se dvojí čtení preparátů a pravidelně se vyhodnocuje kvalita získaných výsledků podle diagnóz pacientů.
  • Pravidelně je sledována expirace labochemikálií a zajišťována údržba a servis přístrojů.